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El Doctorado en Ciencias Aplicadas a la Educación Especial promueve la colaboración con los sectores de la sociedad, acorde a la naturaleza y orientación del programa de posgrado, a través de proyectos de investigación o trabajo profesional del núcleo académico y los estudiantes con intereses en común y con la disposición para colaborar y aportar sus conocimientos, habilidades y capacidades con un enfoque multidisciplinario para impulsar soluciones integrales a problemas y temas estratégicos para el desarrollo del país y para el avance de un conocimiento pertinente.
Específicamente se tiene amplia historia de colaboración entre el Departamento de Educación Especial de la Subsecretaría de Educación Básica de la Secretaría de Educación Pública en Tlaxcala, donde se cuenta con un convenio de colaboración, para impartir cursos, talleres, diplomados y desde luego a través del programa del Doctorado en Ciencias Aplicadas a la Educación Especial, como formas de actualización y formación de educadores especiales. Asimismo, se tiene el convenio marco de colaboración entre la Universidad Autónoma de Tlaxcala y la Universidad de Córdoba, España y el convenio específico de intercambio con la Facultad de Ciencias para el Desarrollo Humano y la Universidad de Córdoba, España.
Además, se cuenta con cartas de intención para colaborar en proyectos de investigación, producción académica publicable, eventos académicos, conferencias, cursos, seminarios, talleres, coloquios y congresos entre el Cuerpo Académico Educación Especial y Procesos de Aprendizaje UATLX-CA-213, mismo que articula el Doctorado en el Ciencias Aplicadas a la Educación Especial, y diversos Cuerpos Académicos: el Cuerpo Académico Conducta, cognición y Desarrollo UDC-CA-713, de la Universidad de Guadalajara; el Cuerpo Académico Comportamiento Humano UV-CA-343, de la Universidad Veracruzana; el Cuerpo Académico Biología de la Reproducción UATLX-CA-175, de la Universidad Autónoma de Tlaxcala; y con el Grupo T de Investigación Interconductual, de la Universidad Nacional Autónoma de México, FES Iztacala.
